Kurikulum adalah seperangkat rencana dan pengaturan mengenai tujuan, isi, bahan pelajaran, dan cara yang digunakan sebagai pedoman penyelenggaraan kegiatan pembelajaran untuk mencapai tujuan pendidikan. Tujuan tersebut meliputi tujuan pendidikan nasional serta kesesuaian dengan kekhasan, kondisi dan potensi daerah, satuan pendidikan dan peserta didik. Oleh karena itu, kurikulum disusun oleh satuan pendidikan untuk memungkinkan penyesuaian program pendidikan dengan kebutuhan dan potensi yang ada di daerah.
Kurikulum yang digunakan di SMP BOPKRI 3 Yogyakarta ini mengacu pada Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan tahun 2013 dan Kurikulum Merdeka. Kurikulum tersebut diterapkan berdasarkan peraturan yang ada dengan penyesuaian berdasarkan potensi sekolah dan kearifan lokal yang ada.
Pada masa pandemi Covid-19 yang lalu kurikulum diatur secara khusus agar dapat memfasilitasi seluruh pihak yang terkait tanpa mengurangi esensi dari kegiatan belajar mengajar yang ada dilingkungan SMP BOPKRI 3 Yogyakarta. Memasuki masa endemi kurikulum disesuaikan dengan era dan tuntutan situasi dan kondisi yang ada.
Kurikulum tersebut secara periodik dilakukan pengembangan untuk peningkatan kualitas pendidikan yang ada di lingkungan SMP BOPKRI 3 Yogyakarta.