Perpustakaan adalah salah satu sumber ilmu bagi siswa. Berbagai macam ilmu dan pengetahuan bisa dipelajari dengan referensi buku. Untuk itu, SMP BOPKRI 3 Yogyakarta memperhatikan ketersediaan buku di perpustakaan.
Perpustakaan SMP BOPKRI 3 Yogyakarta memiliki koleksi buku yang dapat mendukukung dalam pelaksanaan kegiatan belajar mengajar. Berbagai macam buku dari berbagai disiplin ilmu tersedia di perpustakaan.
Di perpustakaan SMP BOPKRI 3 Yogyakarta peserta didik dapat mengakses e-book secara gratis menggunakan komputer-kompter yang sudah disediakan. Peserta didik cukup datang ke perpustakaan, dan diijinkan mengakses. Selain fasilitas tersebut peserta didik juga dapat menyelesaikan tugas dengan memanfaatkan fasilitas yang ada di perpustakaan.