Ilmu pengetahuan alam (IPA) merupakan salah satu mata pelajaran yang membutuhkan kemampuan praktis / praktek peserta didik dalam mempelajarinya. Kegiatan pembelajaran IPA yang ideal adalah kegiatan yang dilengkapi dengan praktikum bagi peserta didik.
Melihat kondisi tersebut maka SMP BOPKRI 3 Yogyakarta menyediakan ruangan khusus yang diigunakan untuk praktikum IPA bagi peserta didik. Ruang laboratorium tersebut dilengkapi dengan berbagai peralatan yang mendukung dan dapat digunakan dalam pembelajaran IPA bagi peserta didik.