Salah satu pendukung dalam pelaksanaan kegiatan belajar mengajar adalah tersedianya ruang / laboratorium komputer yang dapat digunakan oleh peserta didik maupun pendidik / tenaga kependidikan dalam melaksanakan berbagai kegiatan belajar mengajar ataupun menyelesaikan tugas pekerjaan yang ada.
SMP BOPKRI 3 Yogyakarta memiliki fasilitas laboratorium komputer dengan perlengkapan yang terstandar dan dapat digunakan untuk kegiatan belajar mengajar, tes online maupun pengembangan pendidik dan tenaga kependidikan.