Penguasaan bahasa merupakan salah satu ketrampilan yang dikembangkan di SMP BOPKRI 3 Yogyakarta. Dengan menguasai berbagai bahasa khususnya bahasa Inggris maka seseorang / peserta didik dapat dikatagorikan telah memiliki bekal kemampuan dalam menghadapi perkembangan jaman khususnya di era global saat ini.
Laboratorium bahasa merupakan salah satu fasilitas yang dimiliki oleh SMP BOPKRI 3 Yogyakarta. Fasilitas ini dimanfaatkan oleh siswa dalam pengembangan kemampuan bahasa khususnya bahasa Inggris. Di laboratorium ini peserta didik dapat melakukan kegiatan belajar dan berlatih bahasa Inggris dengan software / program yang mampu memudahkan siswa dalam memperlajari bahasa Inggris. Selama kegiatan belajar di laboratorium bahasa, siswa akan didampingi oleh guru pendamping yang akan membimbing siswa dalam belajar dan memanfaatkan berbagai peralatan yang ada.